协议里的服务成本构造一般相当复杂。除基本交易费用和现金获取服务费外，平台还可扣减月度服务费、接口维护费或附加结算费。更重要的是，这类利率一般配置起伏或顶端，限定没法提前知道，平台可以在协议中约定“必要时调节利率”的条款。如果商家在成本核算中忽视了这一点，他们很可能在成本变化后遭到预算的大幅超支。
风险也反映在数据与隐私保护层面。该协议一般授于支付机构搜集和存储商店和客户的很多敏感信息，包含身份信息、银行卡号码、销售细节和物流地址。当平台未授权应用这些信息，或由于安全漏洞导致数据泄漏时，商店不但会遭受合规惩罚，还会担负信誉影响与用户权利保护的法律依据。尽管《网络安全法》对个人信息安全有明确规定，但付款协议里的免责协议往往将商业风险转移给商家。
合规和风险管控责任是协议中的重要风险要求。第三方支付平台一般要求商家承诺遵照协议 KYC(了解客户)和 AML(反洗钱)等各项合规要求。假如商家未及时更新客户资料或控制可疑交易，可能因每笔交易超限或材料不足而被暂停账户要被移送司法机关调研。店面务必在内部建立完善合规审查和培训流程，保证可以快速反应平台审核要求。
该协议还将对责任承担和争议解决制度作出承诺。支付机构把它责任限定在商家本期收取的成本费中是很常见的，或者只是将间接损失和可预见影响排除在赔偿范围以外。假如平台负责人的支付能力风险不足，商店只有担负剩下的损害。大部分第三方支付协议挑选平台所在地或通用条款里的起诉地址，增强了跨境店家权利保护的成本和难度。
在技术层面，协议一般要求商店承诺维护联接接口便捷性，并在发生故障时承担相应的毁坏。假如付款因平台系统升级或接口变化而停止，商店一般担负因支付失败而损坏的订单取消和客户投诉，平台以“第三方系统异常”为由免除责任。
该协议一般容许该平台随时单方调节要求，包含服务、利率、结算周期与技术页面标准。尽管平台要提前在网站上公布，但“宣传是有用的”往往使公司没有准备好解决它。商家在签署协议时，应尽量争取“书面同意条文变动”或“30天前重要变更通知”的保护性条文，避免被动接受利弊不均的改变。
资金结算和取款规范包括风险。协议通常要求商店需要一定的周期(比如TT) 7或T 30)后才能取现，目前还要扣减处理费和跨境结算费。假如商家急缺周转资金，因为取款时间久或取现金额有限，不能及时取回，将面临现金流压力。理想做法就是与平台商议设定“迅速取现”选项，或提前规划资金流动周期，以降低结算延迟带来的运营风险。
商店在签订第三方支付公司服务协议时，应高度关注资金安全、利率构造、数据隐私、合规义务、责任限制、技术接口、单方变更和结算规则等风险点。准备充分条文检查和法律咨询，根据探讨均衡更公平的条款，有效规避第三方支付便利服务的潜在风险，保证跨境电商业务的安全运行。
