企业首先要在商务主管部门开展跨境电商经营人备案。在我国（包含跨境电商综合试验区），“单一线上商贸窗口”或“互联网商贸窗口” 在海关软件上，企业登录进到“企业资质”模块，挑选“对外贸易经营者”，上传营业执照、组织机构代码证（三证提交统一社会信用代码证）等基础资质。系统会核查企业名字、经营范围和资信情况。基本审批后，公布数据《对外贸易经营者备案申请表》，授于跨境电商诚信经营资质。
随后，企业需要在海关系统内备案“报关单位”或“进出口收发货人”，并在同一窗口提升“跨境电商商家”的种类。填好时要说明经营模式（直邮、海外仓、保税仓等）、重要平台与网址，并提供相关电子海港 IC 卡或数字证书。备案成功后，海关将在后台产生对应的公司人像，全部跨境电商出口和进口申请都将鉴于此资质。
企业计划建设独立站的，也必须向工业与信息化属下属种地区通讯管理局办理 ICP 备案。无运营视频的独立站需申请备案号，营业性需申请增值电信营业执照，并按规定在网站底部公示备案号与“ICP备案”联接。这一步不仅是法律要求，更有助于提高网址公信度，优化排名。
对于选择登录海外仓的跨境电商，还要向商务部或地方商务主管部门备案海外仓经营模式（如政策容许，可免去），并向海关给予仓库地址、经营人信息和操作流程，便捷海关监控和管理出入库房货品。政策鼓励跨境电商根据海外仓“先出区后清关”或“先验货运送”的新模式，提升清关效率，降低物流成本。
企业完成商务、海关、ICP备案后，必须在国税总局电子税务局系统中进行出口退税和进口增值税试点备案。登陆税务机关，进到“出口退税管理”或“跨境电商综合试验区”模块，提交外贸经营人备案表、银行退税（免税）税账户等，获得独特退税账户后才可申报出口退税，真正享受优惠政策。
合规备案仅仅起点，必须在日常运营中维持信息同歩和变更申请。企业提升新的运营模式（如新的海外仓或平台模式），或更改法人或注册地址时，务必在单个窗口、ICP系统和税务平台上进行变动，避免因信息不一致而损坏过关点、网络访问权限或退税申报遇阻。
全部可靠的跨境电商备案步骤都跨越了商业、海关、电信和税收四个系统。如果企业能从一开始就整理了各自职责和运营渠道，融洽法律、会计、IT和物流团队协作，全面推行资质记录和数据记录，能够在合规框架下平稳运作，充分享受跨境电商政策支持和市场机遇。
